La chiesa di San Francesco d’Assisi, detto della Scarpa per distinguerlo da quello degli Zoccolanti, dopo la Cattedrale, è il più bel monumento religioso di Bitonto. Sorge sulla parte più alta del centro antico, lì dove era l’acropoli.
La sua costruzione ebbe inizio nel 1283, anno in cui Carlo I d’Angiò rimetteva a Sergio Bove la direzione dei lavori sia del convento che della chiesa adiacente sotto il nome di S. Maria Maddalena.
La chiesa fu consacrata agli inizi del ‘300 dal vescovo Leucio e vi si stabilirono i Francescani; questi ultimi edificarono il convento che conserva ancora un chiostro quattrocentesco confinante col seminario vescovile; in seguito il convento fu ampliato e costruito un altro chiostro.
Il convento di San Francesco della Scarpa, posto sotto il titolo di S. Maria Maddalena, fu uno dei più importanti della provincia, centro di studi, dotato di un ricco archivio e biblioteca, con cattedra di teologia, oratoria e lettere.
Il convento servì anche da ospedale militare; dopo la disastrosa sconfitta subita dai tedeschi sotto le mura di Bitonto il 25 maggio 1734, il generale conte di Montemar rivolse le sue cure ai numerosi feriti dell’uno e dell’altro esercito.
Nel corso degli anni il convento subì cambiamenti come anche l’interno della chiesa, arricchita d’altari cinquecenteschi. Nel 1842 il soffitto fu sostituito con le volte a cupola; le mura laterali rinforzate; il pavimento rifatto con mattoni; mutata la disposizione degli altari.
È originaria la facciata di pura forma gotica, col portale rettangolare, l’arco a sesto acuto compresso, l’ampia trifora.
I frati Minori vi rimasero fino al 1866, anno in cui venne abolita la loro comunità religiosa.
Il convento di S.Francesco d’Assisi non conserva quasi nulla d’antico in quanto i vari locali sono stati nel tempo adattati ad abitazioni, a scuole pubbliche, a caserma.
Dopo un trentennio d’abbandono e di intervento mai completati da parte degli organi statali, la chiesa nel 1994 fu affidata in comodato al Centro Ricerche di storia e arte di Bitonto che ha provveduto e completare i restauri e ad aprirla al pubblico, rendendola sede di una intensa attività culturale.
Databile al ‘600 è il bel campanile a tre ordini, con coronamento a cipolline e iscrizione dedicatoria. Eccezionali il retrostante “giardino pensile” e l’annesso chiostro duecentesco, adibito a Seminario interdiocesano.